経済産業省では、2012年度が全量買取り制度の開始初年度であり、これに伴う混乱も多く見られることから、電子申請処理が可能な50kW未満の太陽光発電システムについては、2月22日を超えて提出された案件についても、年度内に認定できるよう作業を進めきた。しかし、遅くとも3月29日（金）10:00までには、不備・誤りがない状態で申請しない限り年度内処理が物理的に難しい状況にあると発表している。

　なお、2012年度の調達価格・調達期間の適用を受けるためには、年度内に設備認定を受けるだけではなく、電気事業者への系統連系に関する契約の申込み書類が受領されている必要がある。